Em caso de défice de DAO, a histamina endógena ou exógena não pode ser degradada com rapidez suficiente e desenvolvem-se os sintomas característicos da intolerância à histamina (problemas gastrointestinais, enxaqueca, irritações da mucosa nasal e outros sintomas alérgicos)

• Enxaqueca e outras cefaleias vasculares
• Perturbações gastrointestinais: especialmente aquelas associadas à Síndrome do Intestino Irritável, como obstipação, diarreia, saciedade, flatulência ou sensação de inchaço
• Distúrbios dermatológicos: como pele seca, atopia ou psoríase
• Alterações musculares: como dores musculares, frequentemente diagnosticadas como fibromialgia
• Fadiga crónica
• Na infância e adolescência, tem sido relacionado com o transtorno de atenção e hiperatividade (TDAH).